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Visual Studioでは発行(公開)機能によって、 .pubxml の定義に従ってプロジェクトをビルドしてデプロイすることができます。

このとき、特定のファイル(dll等)やフォルダーを発行しないように除外することができます。

発行の設定ファイル(.pubxml)やプロジェクトファイル(csproj)で除外の設定ができるみたいです。

参考元
Excluding Sitecore Assemblies from Deployment using Publish Settings
https://jammykam.wordpress.com/2016/01/20/excluding-sitecore-assemblies-from-deployment/
Web Deployment: Excluding Files and Folders via the Web Application’s Project File
https://blogs.msdn.microsoft.com/webdev/2010/04/22/web-deployment-excluding-files-and-folders-via-the-web-applications-project-file/

例えば、Sitecoreのdllを発行時にデプロイ対象から除外する場合は次のように、 .pubxml (Propertiesフォルダーに作成される発行用の設定ファイル)を開き、<ExcludeFilesFromDeployment> ノードを <PropertyGroup>に追加するだけでOKです。

  <PropertyGroup>
    ............ 
    <ExcludeFilesFromDeployment>
      bin\Sitecore.*.dll;
      Web.config
    </ExcludeFilesFromDeployment>
  </PropertyGroup>

こんな感じで簡単にdllやWeb.configを除外できます。