Sitecoreでは、Web.configの <sitecore> セクションを変更する場合は、変更の内容を記載したパッチ用のファイルをIncludeフォルダ配下に配置することで変更を適用します。
これにより、Web.config (Sitecore.config)に変更を加えずに<sitecore>セクションを拡張することができるようになります。
これまで、doc.sitecore.net に パッチファイルの構成方法に関する説明がなかったのですが(sdnにはありました) ようやくdoc.sitecore.netにもドキュメントが公開されたようです。
Using patch files to customize the Sitecore configuration
Configuration patch file examples
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